Abe được bầu lên quận 1 của Tỉnh Yamaguchi năm 1993, với số phiếu cao nhất trong số bốn nghị sĩ được bầu. Năm 2000 đến 2003, ông Phó Chánh Vằn phòng Nội các của nội các Mori Yoshirō và Koizumi Junichirō, sau đó ông được bổ nhiệm làm Tổng Thư ký Đảng Dân chủ Tự do.

Abe là thành viên của Bè phái Mori (trước là Seiwa Seisaku Kenkyū-kai) của LDP. Bè phái này do cựu thủ tướng Mori Yoshirō đứng đầu, sau bố ông Abe là Shintaro giữ chức vụ này từ năm 1986 đến 1991.

Năm 2000, nhà riêng và văn phòng của Abe ở Shimonoseki, tỉnh Yamaguchi, bị tấn công nhiều lần bằng chai cháy. Thủ phạm là một số thành viên Yakuza thuộc Kudo-kai, một băng nhóm tại Kitakyushu. Nguyên nhân của vụ việc được cho là vì hỗ trợ địa phương của Abe từ chối cho tiền cho một người môi giới bất động sản Shimonoseki để ủng hộ ứng viên thị trưởng Shimonoseki năm 1999.[22]

Ông đứng đầu một dự án thuộc LDP nhằm tổ chức các cuộc khảo sát về "giáo dục giới tính quá độ và giáo dục phi giới tính". Một số điều mà dự án phản đối bao gồm búp bê giải phẫu và những tư liệu giảng dạy khác "không xét đến tuổi của trẻ em", chính sách của nhà trường cấm các lễ hội truyền thống của bé trai và bé gái, và giáo dục thể chất cả hai giới. Dự án này đối lập với Đảng Dân chủ Nhật Bản, được cho là ủng hộ những chính sách này.[23]

Ngày 23 tháng 4 năm 2006, Abe được bầu làm chủ tịch của Đảng Dân chủ Tự do cầm quyền.[24] Những đối thủ cạnh tranh chính của ông là Tanigaki Sadakazu và Asō Tarō. Yasuo Fukuda là một ứng cử viên tiềm năng ban đầu nhưng cuối cùng không tham dự tranh cử. Nguyên Thủ tướng Mori Yoshirō, người đứng đầu bè phái của cả Abe và Fukuda, nói rằng bè phái nghiêng về Abe nhiều hơn rõ ràng.[25]